필라테스의 호흡은 측면호흡으로 늑간근을 중점적으로 사용한다. 들숨과 날숨에서 모두 심부 복근을 일관되게 안쪽으로 당긴 상태를 유지하면서 흉곽의 측면 확장을 강조한다. 측면 호흡을 사용하는 이유는 필라테스 운동을 수행하면서 복근의 수축을 유지하도록 돕기 위한 것인데 운동을 하면서 중심부를 안정되게 유지하는 것이 신체의 보호에 중요하기 때문이다.
호흡하는 방법으로는 코로 들이 마시고 입으로 내쉰다. 코로 들이 마실때 갈비뼈를 양옆 그리고 뒤로 확장시키며 마신다. 갈비뼈를 움직여 호흡한다. 입으로 내쉴때 옆으로 벌어졌던 갈비뼈를 다시 모으면서 코어에 힘을 준다. 이 호흡을 등 안쪽의 호흡이라고도 부르는데 등 안쪽까지 호흡이 흐르고 신체 뒤쪽을 팽창 시키는 것에 집중한다. 호흡은 무엇보다도 정황해야하며 마시고 내쉬는 것, 끝까지 내쉬는 것에 집중한다. 움직임이 시작될 때에는 호흡을 마시고, 끝날 때에는 호흡을 내쉰다. 늑골을 움직여 가슴 측면과 등을 팽창시켜 안정된 호흡을 추구한다. 호흡의 장점은 무수히 많지만 요약하면, 흉추부분을 유연하게 해준다. 복부근육과 골반저근을 강하게 해준다. 전신기능의 일부로 폐활량을 증가시키고 산소 공급과 생리적인 변화를 준다. 풍부한 산소가 함유된 혈류를 모든 신체 조직에 운반하여 공급한다. 신체의 불순물과 노폐물을 없애준다. 필라테스 수업에서 호흡만 잘해도 반은 하는거라는 말이 있듯이 중요하기도 하고 어렵기도 한 부분이 바로 호흡이다. 조셉의 필라테스 철학은 올바른 호흡과 함께 꾸준한 훈련으로 정신과 신체 그리고 영혼의 건강까지 추구하며 소통하는 것이라고 했다. 지도자는 동작을 완벽히 이해하고 가르쳐야하며 동작간의 흐름과 연결성을 생각하고 수업해야 한다. 적절한 지적도 필요하고 정확한 교정으로 수업을 이끌어 간다. 수업 중 목소리와 박자로 리듬을 준다. 수업을 듣는 사람에게 동기를 부여해 준다. 운동 중 안정성을 책임진다. 수업에 관한 모든 것에 책임감을 가지고 가르친다.
